少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但肛周脓肿的治疗原则是，一旦诊断明确且局部已经成脓肿应手术。局部感染灶只以炎性肿块表现，并未成脓者，或脓肿合并白血病、心脏病等全身严重疾病者，可暂时行保守治疗，主要是抗感染，同时配合中药治疗，适当选择双氯芬酸纳栓等止痛药。
肛周脓肿一旦发生，就无自愈和药物治愈的可能，只有手术才能根治。患者应尽量采取一次手术治疗，避免形成肛瘘后再次手术，这样可减轻患者痛苦，节约时间和费用。至于术后是否会复发，完全在于医师能否准确定位内口及瘘管的走向，若定位错误，就是分两次手术，也难以保证术后不复发。
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