目前医学上还不能确切知晓唇腭裂的发生根源，但与以下两大原因关系密切：
(一)环境因素：怀孕12周以前，是婴儿唇腭形成的阶段，所以，婴儿如果出现唇腭裂可能是这个阶段出现下述某种状况：
1.病毒感染：如孕妇上呼吸道感染、风疹等。
2.药物作用：如服用抗癫痫药、类胆固醇、抗过敏、抗癌药物等。
3.内分泌：精神性或损伤性因素，如遭到强烈的精神刺激、身体外部遭损伤等。
4.营养因素：早孕期呕吐，厌食，偏食等导致维生素d、叶酸、铁、钙等缺乏。
5.其他因素：如照射x线，吸烟，酗酒，缺氧。
(二)遗传因素：唇腭裂有相当部分是遗传的，直系亲属有唇裂者，其后代发生该病的比率为４％左右。一般唇腭裂发生在第一胎的概率为1/600，如果第一胎是唇腭裂的在第二胎发生唇腭裂的几率为3/100。
墨西哥一项研究表明，孕妇长期吸烟和酗酒，以及食物中缺乏人体必须的叶酸和维生素a、b会导致新生儿先天性唇裂等头颈部畸形。
丹麦南方大学的研究人员发现，40岁母亲与30岁母亲相比，新生儿患唇裂的风险高20%；20岁到50岁之间，父亲年龄每大10岁，新生儿患唇裂的风险增加12%。
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